El 25 de noviembre 1954 un grupo de hermanos de la Iglesia Sion de Rebolo, guiados por Dios, decidieron hacer obra misionera haciendo servicios en las casas, siendo la primera de estas la de los hermanos Isolina y Rafael Rodríguez, quienes compraron a la Parrish Company el primer terreno de la iglesia y lo cedió al hermano John Jaque, líder del grupo y a su vez el padre de Blanca de Zayas. Las familias que inicialmente se reunían fueron Los Osorio, Freite, Carrillo, Rodríguez y los Barranco.

Tiempo más tarde en casa de los Salcedo se hicieron servicios también, junto con la familia Vargas y otros, Ya para ese entonces se estaba construyendo el primer salón de culto de la iglesia Salem, esto fue en 1960, año en que John Jaque padre de Blanca y suegro del Pastor Emilio Zayas, que para ese tiempo había tenido sus estudios en el seminario teológico de Costa Rica y fue enviado como misionero para llevar el evangelio por el Magdalena medio, conoció en el pueblo de Talaigua a la familia Mancera, quienes años después se vinieron a Barranquilla y supieron que el pastor estaba en Salem y de la Iglesia Cuadrangular Central pasaron a la Iglesia Salem en cabeza de la hermana Noemí Mancera.

En 1960, el suegro del Pastor Emilio Zayas, John Jaque le propone a este que sea el Pastor de la Iglesia Salem, el cual tomó las riendas de la misma y compró otro lote a la hermana Julia de Castillo; Fueron protagonistas en este tiempo las familias Salcedo, la Mendoza, quienes también eran Bautistas.

Del exterior llegó también la misionera Love, quien abrió obras en, Calamar y apoyó financieramente la construcción del templo en Barranquilla y salones de clase para la escuela dominical.

En 1967 la iglesia crea y pone en funcionamiento a la comunidad los primeros salones de clase del Colegio Salem.

Ya en 1969, el pastor Emilio Zayas, consiguió la Personería Jurídica Departamental No. 327 de 1969; así pasaron los predios a nombre de Iglesia Bautista Salem y se abrieron cuentas de ahorros y corriente en el Banco Popular. Más adelante vinieron de Puerto Rico unos misioneros pentecostales y se derramó el poder de Dios, recibiendo el Pastor Zayas el bautismo en el Espíritu Santo junto a otros hermanos. Razón por la cual el pastor Zayas decide separarse del Concilio Bautista, cambiando el nombre de IGLESIA BAUTISTA SALEM por IGLESIA CRISTIANA SALEM, sin embargo, queriendo estar siempre bajo cobertura, decide afiliarse al Concilio de las Asambleas de Dios.

Tiempo más tarde, en uno de los viajes del Pastor Zayas a Norte América hace contacto con el reverendo Abelardo Berrios Presidente del Concilio Latinoamericano, ya para ese tiempo el Pastor Zayas había fundado las iglesias Primitiva, Canaán,  Misionera, Emmanuel, y se unió con las Iglesias EI tabernáculo y Sinaí que pastoreaba Alfredo Castro y así nace el Concilio Latinoamericano en Colombia, siendo el Pastor Zayas el primer misionero y el hermano Rufino Monterrosa el primer Pastor Presidente del Concilio Latinoamericano en Colombia.

El Pastor Zayas en su ministerio, estuvo pastoreando la Iglesia Salem por 22 años aproximadamente bajo su cobertura se fundaron otras Iglesias lideradas por la hermana Yadira Maestre, como son: Templo La Hermosa) en Pivijay, Iglesia Roca Eterna en Tasajera entre otras. En los Papayos pastoreó la hermana Judith Navarro, y en Barranquilla la Iglesia Amor liderada por el Pastor Rafael Méndez, Iglesia Esperanza de Gloria liderada por la misionera Beatriz de Díaz, y un orfanato de la Iglesia Cristiana Primitiva; obras entregadas al Concilio Latinoamericano.

Durante ese tiempo pasaron varios pastores interinos, que se quedaban al frente de la Iglesia Salem mientras el Pastor Zayas estaba en Estados Unidos. Entre ellos tenemos el Pastor Luis Castillo, el Evangelista Juan Tolentino, el Pastor Miguel Ángel Díaz (quien hizo una gran labor de construcción en el Colegio Salem), todos estos puertorriqueños.

En 1978, el Pastor Emilio Zayas, por revelación, Dios le muestra que debe regresar a los Estados Unidos para estar con su familia. Y es así como ora a Dios para saber quién va a quedar al frente de la Iglesia Cristiana Salem, mostrando el Señor que el nuevo pastor de la iglesia sería un joven de 20 años de edad, al que Dios llamó para este santo ministerio, el Pastor Jorge Isaac Vanegas, a quien instaló junto a su esposa Miryam Tolosa Moreno.

Bajo su ministerio pastoral se fundaron varias iglesias, como son: Iglesia Monte de Sion, bajo el liderazgo de Hermógenes Llano; Iglesia Salem Los Robles, liderada por los pastores Alicia y José De Arco; Iglesia Salem Salcedo, liderada por Cecilia y Lázaro Payares; Iglesia Salem Sabanalarga, liderada por el Pastor Iván Martínez; Iglesia Salem Sincelejo, liderada inicialmente por el Pastor Alberto Rosales y Edelmira Sáenz y seguidamente los pastores Cesar Herrera y Marlín Pertuz; Iglesia Salem Milenio, liderada por Henrry y Estela Ruiz; Iglesia Puerto Giraldo, liderada por la Pastora Yolanda Herrera; Iglesia Ríos de Agua Viva, , liderada por Alberto y Yalis de Sánchez; Iglesia Salem San Antonio Texas, liderada inicialmente por el Pastor Jorge Vanegas. Durante los años 1994 al 2008, los pastores Vanegas, representantes legales de la Iglesia Cristiana Salem, viajaron a los Estados Unidos, y dejaron en el pastorado salemita, a los pastores: Alberto Molina, Jesús Ariza y Jairo Osorio Pinto.

En el año 2008, los pastores Vanegas regresaron a Colombia y retomaron el pastorado de la Iglesia Cristiana Salem, hasta la fecha.

Para el año 2019 en un esfuerzo conjunto entre Iglesia y Colegio se realiza la adquisición de la casa de la la esquina al lado de la iglesia (Cra 17 con 38B esquina), con la finalidad de ampliar la edificación y reubicar oficinas, baños, entre otras necesidades locativas que se requieren.